วิธีที่ดีที่สุดในการชื่นชมทัศนียภาพอันงดงามของอ่าวมัตสึชิมะคือการนั่งเรือ ทัศนียภาพริมอ่าวที่ประกอบไปด้วยเกาะกว่าสองร้อยเกาะอันงดงามควบคู่กับสถานที่ทางประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมมากมายเช่นวัดและศาลเจ้า ทำให้อ่าวมัตสึชิมะถูกขนานนามเป็นหนึ่งใน นิฮงซังเคย์ หรือ หนึ่งในสามไตรทัศน์ของญี่ปุ่น

เส้นทางการเดินเรือรอบอ่าวมัตสึชิมะจะมีสองเส้นทางมาตรฐานที่จะวนรอบอ่าว โดยออกและกลับมาที่ท่าเรือมัตสึชิมะ นอกจากนั้นยังมีหนึ่งเส้นทางไป-กลับระหว่างเมืองท่าชิโอกามะ ส้วนเส้นทางอื่น ๆ จะนำผู้โดยสารออกไปในพื้นที่ที่เป็นที่รู้จักน้อยกว่า เช่น โอคุ-มัตสึชิมะ เพื่อชมช่องเขาซากะเคย์ (Sagakei Gorge) เส้นทางมาตรฐานรอบอ่าวมัตสึชิมะนั้นมีทุก ๆ หนึ่งชั่วโมง โดยใช้เวลาประมาณ 50 นาที และไม่จำเป็นต้องสำรองที่นั่งล่วงหน้า

ในหน้าหนาวนั้น เรือเที่ยวพิเศษที่มีหม้อไฟหอยนางรมรวมอยู่ในคอร์ส (oyster nabe cruises) นั้นจะวิ่งในเส้นทางเดียวกับเส้นทางมาตรฐาน ซึ่งการสำรองที่นั่งล่วงหน้านั้นจำเป็นสำหรับเรือเที่ยวพิเศษนี้